Urząd skarbowy, weryfikując rozliczenia podatnika, może przeprowadzić kontrole krzyżowe u jego kontrahentów wykonujących działalność gospodarczą. Taka kontrola polega na sprawdzeniu rzetelności i prawidłowości dokumentów, jakie posiadają strony w związku z zawieranymi transakcjami, np. faktur i ewidencji VAT. Urząd skarbowy może wezwać do przedstawienia dokumentów w zakresie objętym kontrolą lub postępowaniem podatkowym u podatnika (a w przypadku dużych przedsiębiorców - także do przekazania wyciągów z ksiąg i dowodów księgowych w formie JPK). Kontrolami krzyżowymi mogą być objęci nie tylko bezpośredni kontrahenci podatnika. Mogą być one prowadzone także u podmiotów wykonujących działalność gospodarczą, uczestniczących w dostawie tego samego towaru lub świadczeniu tej samej usługi, będących zarówno dostawcami, jak i nabywcami biorącymi udział pośrednio lub bezpośrednio w dostawie towaru lub świadczeniu usługi. W takim przypadku przedmiotem weryfikacji są wyłącznie dokumenty związane z tą dostawą towaru lub świadczeniem usługi. Jeżeli zamieszkanie, siedziba lub miejsce wykonywania działalności kontrahenta podatnika znajdują się poza obszarem działania organu prowadzącego kontrolę lub postępowanie podatkowe, czynności polegające na zbadaniu rzetelności i prawidłowości dokumentów na zlecenie tego organu może wykonać organ właściwy miejscowo. Kontrole krzyżowe nie podlegają limitom czasowym określonym w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej.