Urząd celno-skarbowy ma prawo w trybie kontroli celno-skarbowej sprawdzać prawidłowość obliczania i wpłacania podatków. Kontrola ma na celu wykrywanie i zwalczanie przestępstw powodujących znaczny uszczerbek w finansach publicznych. Po zakończeniu czynności kontrolnych podejmowanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie prawa podatkowego sporządzany jest wynik kontroli zawierający informację o stwierdzonych nieprawidłowościach lub ich braku. Podatnik nie może przedstawić zastrzeżeń i wyjaśnień do wyniku kontroli. Ma jedynie prawo – w ciągu 14 dni od dnia jego otrzymania – złożyć korekty deklaracji objętych weryfikacją. Korekty przekazuje się do urzędu skarbowego, a nie do urzędu celno-skarbowego. Jeżeli korekta nie zostanie dokonana w terminie albo organ jej nie uwzględni, kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe. Na postanowienie o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe nie przysługuje zażalenie. Postępowanie podatkowe prowadzone w wyniku przekształcenia kontroli celno-skarbowej kończy się decyzją wymiarową, którą można zakwestionować w trybie odwoławczym. Odwołanie rozpoznaje jednak ten sam urząd celno-skarbowy, który prowadził kontrolę i postępowanie podatkowe, a następnie wydał decyzję. Faktycznej weryfikacji rozstrzygnięcia należy zatem spodziewać się dopiero po skierowaniu sprawy do sądu administracyjnego. Urzędy celno-skarbowe rozpatrują odwołania od swoich rozstrzygnięć jedynie w przypadku decyzji kończących postępowanie podatkowe prowadzone w drodze przekształcenia kontroli celno-skarbowej. Od innych decyzji, np. o zabezpieczeniu wykonania zobowiązania podatkowego, przysługuje odwołanie do organu wyższego stopnia. Istnieją jednak uzasadnione obawy, że urzędy celno-skarbowe nie będą uchylały swoich decyzji. Faktycznej merytorycznej weryfikacji tych rozstrzygnięć należy się zatem spodziewać dopiero po wniesieniu skargi do sądu administracyjnego. Odwołanie od decyzji urzędu celno-skarbowego należy wnieść w ciągu 14 dni od dnia doręczenia decyzji. Obowiązkowe elementy każdego odwołania to: oznaczenie organu podatkowego, dane wnoszącego odwołanie, zarzuty przeciwko kwestionowanej decyzji, określenie istoty i zakresu żądania, wskazanie dowodów uzasadniających żądanie. Odwołanie powinno być rozpatrzone w ciągu 2 miesięcy. Do tego terminu nie wlicza się okresów zawieszenia postępowania, ustawowych terminów dla dokonania określonych czynności oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy podatnika lub z przyczyn niezależnych od urzędu celno-skarbowego. Urząd celno-skarbowy ma obowiązek powiadomić podatnika o każdym przypadku opóźnienia – także wtedy, gdy nie ponosi za nie winy. Musi podać przyczyny zwłoki i wskazać nowy termin załatwienia sprawy.