Zdaniem Ministerstwa Finansów zmiany w zakresie rejestracji i wyrejestrowywania podatników, które weszły w życie z dniem 1 stycznia br., wynikają z potrzeby podjęcia zdecydowanych działań mających na celu lepszą weryfikację podmiotów zgłaszających się do rejestru VAT i podmiotów znajdujących się w nim. Mają również wyeliminować przypadki, w których dla potrzeb VAT rejestrować się będą podmioty, których działania są nastawione m.in. na wyłudzenia zwrotu VAT.   Art. 96 ust. 4 ustawy o VAT nakłada na naczelnika urzędu skarbowego obowiązek weryfikacji danych podanych w zgłoszeniu rejestracyjnym VAT-R. W art. 96 ust. 4a ww. ustawy wymieniono powody, dla których może on nie dokonać rejestracji:

• dane podane w zgłoszeniu rejestracyjnym są niezgodne z prawdą,
• podmiot nie istnieje,
• mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z tym podmiotem albo jego pełnomocnikiem,
• podmiot albo jego pełnomocnik nie stawia się na wezwanie naczelnika urzędu skarbowego.

Niezwykle istotną okolicznością dla skrócenia procesu weryfikacji danych wskazanych w VAT-R jest utrzymywanie kontaktu z organem podatkowym i szybkie przekazywanie informacji potrzebnych organowi podatkowemu. MF zaleciło organom podatkowym zintensyfikowanie działań podejmowanych w ramach weryfikacji danych zgłoszonych w VAT-R celem przyspieszenia rejestracji podatników w podatku VAT. W przepisach brak jest ustawowego terminu na przeprowadzenie czynności sprawdzających. Nie oznacza to jednak, że mogą one być prowadzone w nieskończoność. W odróżnieniu od kontroli podatkowej czy postępowania podatkowego, tego rodzaju czynności są procedurą o najmniejszym stopniu sformalizowania i powinny być prowadzone z uwzględnieniem zasady szybkości postępowania określonej w art. 125 Ordynacji podatkowej, która nakazuje organom podatkowym działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia.