Uregulowania dotyczące zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści i czytelności faktur w kontekście zmian w VAT w 2017 r. nabrały nowego znaczenia w świetle przepisów wynikających z art. 96 ust. 9a pkt 4 i 5 oraz art. 112c ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn. Dz.U. z 2016 r., poz. 710, z późn. zm., dalej: ustawa o VAT). Wskazane przepisy stanowią, że wykreśleniu z rejestru jako podatnik VAT podlega z urzędu podatnik, który: wystawiał faktury dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane lub prowadząc działalność gospodarczą, wiedział lub miał uzasadnione podstawy do tego, aby przypuszczać, że dostawcy lub nabywcy biorący udział pośrednio lub bezpośrednio w dostawie tego samego towaru lub usługi uczestniczą w nierzetelnym rozliczaniu podatku w celu odniesienia korzyści majątkowej. Podatnik może być obciążony dodatkowym zobowiązaniem podatkowym w wysokości 100% w razie odliczenia VAT z faktur, które: zostały wystawione przez podmiot nieistniejący, stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane, podają kwoty niezgodne z rzeczywistością. Pamiętać też należy o uregulowaniach z art. 88 ust. 3a, które określają, w jakich przypadkach otrzymana faktura nie stanowi podstawy do odliczenia VAT. Podatnicy VAT zostali postawieni przed wyzwaniem obejmującym zarówno weryfikację kontrahenta, jak i analizę przebiegu transakcji gospodarczej. Kwestią kluczową w ww. sprawach będzie udowodnienie działania w dobrej wierze oraz zachowania należytej staranności. Narzędziem, które może być pomocne w realizacji tych obowiązków, są tzw. kontrole biznesowe. Przepisy art. 106m ustawy o VAT zobowiązują podatników do określenia sposobu zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści i czytelności faktury. Można je zapewnić za pomocą dowolnych kontroli biznesowych, które ustalają wiarygodną ścieżkę audytu między fakturą a dostawą towarów lub świadczeniem usług. Wskazany obowiązek dotyczy faktur w formie papierowej oraz w formie elektronicznej i dotyczy każdego podatnika VAT. Za zapewnienie powyższych wymogów odpowiadają wystawiający i otrzymujący fakturę. Oba podmioty mogą niezależnie od siebie zapewnić autentyczność pochodzenia. Kwestią kluczową jest autentyczność pochodzenia faktury. Stosownie do art. 106m ust. 2 pod tym pojęciem rozumie się pewność co do tożsamości dokonującego dostawy towarów lub usługodawcy albo wystawcy faktury. Dostawca towarów lub usługodawca musi być w stanie zapewnić, że faktura została rzeczywiście wystawiona przez niego lub w jego imieniu i na jego rzecz. Można to osiągnąć poprzez zapis faktury w dokumentacji księgowej. Podatnik będący nabywcą towarów lub usługobiorcą musi być w stanie zapewnić, że otrzymana faktura pochodzi od dostawcy towarów lub usługodawcy albo od wystawcy faktury. Stwarza to dwie możliwości do wyboru dla podatnika tj.: zapewnienie tożsamości dostawcy towaru lub usługodawcy. Nabywca towarów lub usługobiorca powinien upewnić się, że wymieniony na fakturze dostawca towarów lub usługodawca dokonał w rzeczywistości, dostawy towarów lub świadczenia usług, których dotyczy faktura. Podatnik może wybrać sposób zapewnienia tożsamości wystawcy faktury poprzez, przykładowo, zastosowanie zaawansowanego podpisu elektronicznego lub EDI. Na podatników został zatem nałożony obowiązek ustalenia ścieżki wewnętrznego audytu w firmie, która powinna dawać możliwość ustalenia zależności pomiędzy dostawą towarów lub świadczeniem usług a fakturą dokumentującą to zdarzenie. Innymi słowy, na przedsiębiorcy ciąży obowiązek udowodnienia, że dana faktura dokumentuje zdarzenie gospodarcze, które rzeczywiście miało miejsce i na przebieg którego podatnik posiada dowody.