Podatnik VAT, u którego wystąpi nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, ma prawo do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Zwrot różnicy podatku, następuje w terminie:

• 60 dni (termin podstawowy) od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika, na jego rachunek bankowy,
• 25 dni (termin przyśpieszony) - przy spełnieniu warunków określonych w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT,
• 180 dni - gdy podatnik w okresie rozliczeniowym nie wykonał czynności opodatkowanych na terytorium kraju.

Jednak zanim urząd skarbowy dokona zwrotu VAT ma prawo zbadać poprawność złożonego rozliczenia. Weryfikacja zasadności zwrotu podatku nie ogranicza się tylko do analizy poprawności złożonej przez podatnika deklaracji. Urzędnicy mogą sprawdzić rozliczenia innych podmiotów, które biorą udział w obrocie towarami lub usługami, będącymi przedmiotem rozliczenia podatnika, oraz sprawdzić zgodność tych rozliczeń z faktycznym przebiegiem transakcji. Zdaniem Resortu Finansów działania w zakresie weryfikacji wniosków o zwrot podatku VAT są niezbędne dla stwierdzenia zasadności tego zwrotu. Weryfikacja zasadności zwrotu nie powinna ograniczać się tylko do sprawdzenia złożonego przez podatnika rozliczenia. Aby stwierdzić zasadność zwrotu tego podatku czasem należy prześledzić cały łańcuch transakcji, czyli zweryfikować rozliczenia innych podmiotów biorących udział w obrocie towarami lub usługami będącymi jego przedmiotem, sprawdzić inne dokumenty świadczące o faktycznym dokonaniu transakcji, itp. To przede wszystkim skuteczne przeciwdziałanie wyłudzeniom VAT w karuzelach "vatowskich". Organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotów VAT w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, gdyż w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.