Za podjęciem decyzji o zmianie formy opodatkowania idzie często w parze decyzja o rozliczeniu straty podatkowej wygenerowanej w poprzednim roku lub poprzednich latach w ramach poprzedniej metody rozliczania podatku. Ustawa o podatku PIT ogranicza prawo do rozliczania straty podatkowej wyłącznie do tego samego źródła przychodów. Wynika z tego, że:

• stratę z prowadzenia działalności gospodarczej rozliczyć można w kolejnych latach wyłącznie w ramach tej działalności,
• straty z innych źródeł nie można rozliczyć z przychodami uzyskanymi z prowadzenia firmy.

Nie istnieją natomiast ograniczenia, co do odliczania straty podatkowej po zmianie formy opodatkowania prowadzonej działalności gospodarczej, czyli:

• po zmianie formy z zasad ogólnych na podatek liniowy możliwe jest odliczanie wygenerowanej straty,
• po zmianie formy z podatku liniowego na zasady ogólne, możliwe jest odliczanie wygenerowanej straty.

Natomiast podatnik opłacający ryczałt od przychodów ewidencjonowanych, może odliczyć od przychodów stratę, o której mowa w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych, czyli:

• strata powstała przy rozliczaniu się liniowo, może być odliczona od przychodu po przejściu na opodatkowanie ryczałtem,
• strata powstała przy rozliczaniu się według skali podatkowej może być odliczona od przychodu po przejściu na opodatkowanie ryczałtem.

Zmiana formy opodatkowania nie wpływa natomiast na zasadę ogólną mówiącą o tym, że odliczeniu rocznie podlega maksymalnie 50% wygenerowanej przez jeden rok straty. Najszybciej zatem stratę odliczyć można przez dwa lata podatkowe. Jej część może być odliczona przy zastosowaniu jednej formy opodatkowania, a pozostała część – po zmianie formy na inną.