Już od 1 lipca 2016 r. duże przedsiębiorstwa będą musiały udostępniać organom podatkowym Jednolity Plik Kontrolny. Niedostosowanie się do tych wymogów będzie groziło odpowiedzialnością karno-skarbową. Podatnicy mają wątpliwości, czy organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej będzie mógł żądać od nich przekazania w formie JPK danych dotyczących dowodów księgowych wystawionych od 1 lipca 2016 r., dotyczących zdarzeń sprzed tej daty. Ministerstwo Finansów wyjaśniło, że obowiązek przekazywania na żądanie organów podatkowych raportów w formacie Jednolitego Pliku Kontrolnego dotyczy ksiąg podatkowych i dowodów księgowych odnoszących się do okresów od 1 lipca 2016 r. (od 1 lipca 2018 r. w przypadku mikro, małych i średnich przedsiębiorców). Nie będzie takiego obowiązku w odniesieniu do okresów sprzed dnia wejścia w życie przepisów. Jeśli natomiast program komputerowy, przy użyciu którego podatnik prowadzi księgi podatkowe posiadać będzie funkcjonalność umożliwiającą przekazanie ksiąg podatkowych i dowodów księgowych odnoszących się do okresów wcześniejszych, racjonalnym i celowym wydaje się być prawo przekazania przez podatnika ksiąg i dowodów księgowych odnoszących się do okresów sprzed dnia 1 lipca 2016 r., a w przypadku mikro, małych i średnich przedsiębiorców sprzed dnia 1 lipca 2018 r.